Музей основан в 1889 году по инициативе супругов Иннокентия Алексеевича и Юлии Петровны Матвеевых, которые стали его первыми дарителями. Здание музея — памятник архитектуры начала XX века. Его спроектировал красноярский архитектор Леонид Чернышев, вдохновлённый образцами древнеегипетской храмовой архитектуры. Красноярский краеведческий музей - один из старейших в Сибири.
В архивах музея хранится около 500 тысяч экспонатов, представляющих археологические, палеонтологические, художественные и естественнонаучные коллекции.
Здесь проводятся постоянные и передвижные выставки, знакомящие с историей Сибири от древних времён до наших дней.
Один из известных экспонатов - полный скелет мамонта, впервые выставленный в музее в 1936 году. В 2014 году коллекция пополнилась единственным в России скелетом стегозавра Юрского периода, обнаруженным в угольном разрезе близ Шарыпово. Эта древняя рептилия, относящаяся к семейству динозавров, обитала на земле примерно 150 миллионов лет назад.
Также в краеведческом музее хранится Ишимский клад — комплекс древних предметов, обнаруженных в 1911 году близ деревни Ишимка, в 50 километрах от Ачинска на островке среди болот в тайге. Клад содержал вещи, связанные с древним шаманским ритуалом, которые приносили в дар богам. Среди них: оружие — железные мечи, кинжалы, копья и наконечники стрел; металлические зеркала местной и китайской работы; амулеты-украшения, выполненные в зверином стиле.
Кроме того, в краеведческом музее хранится эпистолярное наследие декабристов, коллекция церковной старины, а также личные вещи выдающихся красноярцев: Василия Сурикова, Геннадия Юдина, Виктора Астафьева и Дмитрия Хворостовского.
Коллекции музея послужили основой для создания Красноярской государственной универсальной научной библиотеки, Музея-усадьбы, а также Художественного музея имени Василия Ивановича Сурикова.
В структуру Краеведческого музея входят:
- Музей усадьба Генадия Юдина;
- Литературный музей имени Виктора Астафьева;
- Мемориальный комплекс Виктора Астафьева в селе Овсянка;
- Музей-пароход «Святитель Николай».